Nausicaa, il nucleo di archeologia subacquea della soprintendenza diretto da Luigi Fozzati, già nel maggio 2001, avvia un'immediata campagna di scavo archeologico per la prospezione del sito, l'individuazione del relitto e il rilievo fotogrammetrico, e il recupero degli oggetti più a rischio saccheggio. Ora la seconda campagna di scavo, finanziata dal Comune di Lignano e dalla Fondazione di Venezia, affidata a un'equipe dell'università Ca' Foscari di Venezia, coordinata dal prof. Carlo Beltrame, e dal personale di Nausicaa. L'obiettivo è il recupero delle carronate e l'avvio di un progetto di tutela dell'area marina interessata dalla presenza del relitto napoleonico e messa a rischio dagli attrezzi devastanti della pesca a strascico. Per laureati e laureandi dell'ateneo veneziano l'occasione per un'esperienza importante di archeologia subacquea. Il recupero del Mercure diventa così anche un campo scuola con il rilascio, per quattro studenti, del brevetto di archeologia marittima.